Dù trước đây, khi chưa thành lập rừng đặc dụng phần lớn diện tích thuộc Rừng phòng hộ Động Châu và một phần thuộc Lâm trường Khe Giữa tuy nhiên khu vực này đã được các nhà khoa học của tổ chức BirdLife[3], Trung tâm Bảo tồn thiên nhiên Việt[4], Viện sinh thái tài nguyên sinh vật, Viện điều tra quy hoạch rừng quan tâm và tiến hành nghiên cứu từ rất sớm (khoảng những năm 2000), do vậy kết quả nghiên cứu hiện nay khá chi tiết. Khu vực này rất phong phú về kiểu thảm thực vật rừng, đặc biệt là thảm thực vật  ở  vùng núi thấp (có độ  cao dưới 700  m so  với  mực nước biển).  Ở  các địa phương khác, kiểu rừng này do gần dân cư và dễ tiếp cận, đã bị phá hủy và còn lại rất ít. Tuy nhiên, ở khu DTTN Động Châu - Khe Nước Trong thì các kiểu thảm thực vật này còn khá nhiều, khoảng trên 18.000 ha. Kết quả  giải đoán ảnh vệ  tinh và điều tra ngoài thực địa cho thấy tỷ  lệ  độ  che phủ  của rừng trong khu vực lên tới 99%. Theo quan điểm phân loại thảm thực vật rừng  của Thái Văn Trừng (1978), các kiểu thảm thực vật chính và phụ của khu vực được trình bày ở bảng dưới đây:

Bảng Hiện trạng thảm thực vật[4][5]